از پیدایش قورتان تاریخ دقیق و درستی دردست نیست. اما به گواهی نام ها و محل هایی که وجود دارند قدمت این روستا به سالهای 421- 439میلادی که زمان حکومت بهرام پنجم (بهرام گور فرزند یزدگرد اول) بود ه ، برمی گردد . درمورد مرگ بهرام گور چنین نقل شده است که هنگام شکار، اسبش در تالابی فرورفته و بهرام را باخودش فرو بردو دیگر اثری از او پیدانشد. که به احتمال زیاد این تالاب ، تالاب گاوخونی بوده است.(تاریخ جامع ایران)
بهرام که گور می گرفتی همه عمر دیدی که چگونه گور بهرام گرفت (خیام)
درنزدیک کبوترخانه ای که درشمال غربی روستا واقع گردیده است ، قلعه ای وجود داشته است که به زبان محلی به این مکان (بارام شاه) می گویندکه مخفف کلمه ی بهرام شاه است . که بعد با ساختن قلعه ی اصلی روستا این مکان قلعه کِنی(قلعه ی کهنه ) نام گرفت که بعدها تخریب و به زمین کشاورزی تبدیل شد.
با پیداشدن بقایای ظروف سفالی در شرق روستا ودرکنارزمین های کشاورزی حاشیه رودخانه زاینده رود وبا تشخیص باستان شناسان ، این تکه های سفالی به دوره ی هخامنشیان نسبت داده شده که دلالت براین موضوع است که قدمت روستا چند هزار ساله می باشد .
روستا ی قورتا ن دارای چند وجه تسمیه است .
* به علت وجود گورخر فراوان در این منطقه این روستا گورتان نام گرفته است.
* شهر ها و محل هایی که نام آن ها با گور شروع شده است ، منطقه ی آن ها از زمین های اطراف پست تر و گود تر است که روستای گورتان نیز یکی از این محل ها می باشد. با ورود اعراب در سال 22 هجری به ایران ، چون در زبان عربی چهار حرف گ – پ – چ- ژ وجود ندارد تغییراتی در زبان فارسی به وجود آورد . نام روستاهای شرق اصفهان نیز دچار تغییراتی شد. گورتا ن به قورتان – پارپان به فارفان – گندان به جندان – گرگویه به جرقویه (جعفری زند- اصفهان پیش از اسلام)
* قورخانه به معنی اسلحه خانه یا انبار مهمات می باشد وقورتان نیز به این معناست .